Sidang Komisi Munas dan Konbes NU 2026 terbagi menjadi enam komisi: Komisi Bahtsul Masail Waqi'iyah, Komisi Bahtsul Masail Maudhu'iyah, Komisi Bahtsul Masail Qanuniyah, Komisi Organisasi, Komisi Program, dan Komisi Rekomendasi.
Setiap komisi bersidang di ruang yang berbeda di lingkungan Pondok Al-Falah Ploso, dan hasilnya disahkan pada Sidang Pleno III di hari penutupan, Senin 22 Juni 2026.